集装箱基本运费计收，采用班轮公司的运价本或船公司的运价本。目前，中国远洋运输（集团）总公司按航线、货种和箱型，定有集装箱货物运价本。对整箱货采用包箱费率的形式，即对具体航线实行分货种和箱型的包箱费率或不分货种只按箱型的包箱费率。而对拼箱货，则按货物品种及不同的计费标准计算运费。
集装箱运输费用构成
1、集装箱运输费用构成，包括：
（1）整箱/整箱：装港拖箱费+码头操作费+运费+卸港码头操作费+拖箱费。
（2）整箱/拼箱：船公司提供的拖箱费+码头操作费+运费+拆箱费。
（3）拼箱/拼箱：装箱费+运费+拆箱费。
（4）拼箱/整箱：装箱费+运费+码头操作费+船公司提供的拖箱费。
集装箱运费之附加费
除基本运费外，集装箱货物也要加收附加费。附加费的标准根据航线、货种不同而有所不同的规定。中国远洋运输（集团）总公司包箱费率表中，目前列有下列几种附加费目：①超重、超长、超大件附加费；②半危、全危、冷藏货附加费；③选择或变更目的港附加费；④转船附加费；⑤港口附加费和拥挤附加费；⑥其他附加费。
运输费用计算方式
（1）包箱费率：以每个集装箱为计费单位，据中国远洋运输公司使用的交通部《中国远洋货运运价本》有以下3种包箱费率。
FAK包箱费率。即对每一集装箱不分货类统一收取的费率。
FCS包箱费率。按不同货物等级制定的包箱费率。货物等级也是1~20级，但级差较小。一般低价货费率高于传统运输费率，高价货则低于传统费率；同一等级货物，实重货运价高于体积货运价。
FCB包箱费率。既按不同货物等级或货类，又按计算标准制定的费率。同一级费率因计算标准不同，费率也不同。如8~10级，CY/CY交接方式，20英尺集装箱货物如按重量费为1500美元，如按尺码计费则为1450美元。
（2）最低运输费用方式
规定最低运费等级。如中远公司规定以7级货为最低收费等级，低于7级货均按7级收费。
规定最低运费吨。如远东航运公司规定，20英尺箱最低运费吨实重货为17.5吨，尺码货为21.5立方米，W/M/为21.5运费吨。
规定最低箱载利用率。
（3）最高运输费用方式
规定最高计费吨。如在货物体积超过集装箱通常载货容积时，仍按标准体积收费。若按等级包箱费率计费，而箱内等级不同时，则可免较低货物等级的运费。
规定最高计费等级。不高于该货物等级的货物，均以规定的最高计费等级收费。
